Вторая фаза стартовала двумя месяцами позже, 26 апреля 2006. Разработчики значительно улучшили графику и звук в игре. В игровой процесс добавились Лесное Волшебство (англ. Forest Magic), возможность менять внешний вид своего «воплощения», несколько эмоций, доступных игрокам, гигантское дерево под названием Старый Дуб (англ. Old Oak); обновилась также система АБИОГЕНЕЗа.[13] 29 сентября 2006 вышла версия 2.1, в которой появилась стадия Оленёнка (англ. Fawn). Это дополнение сделали для бельгийской передвижной выставки Pixel Me, рассчитанной на подростков. Выставка продолжала работу с октября 2006 по ноябрь 2008 года, останавливаясь в различных культурных центрах страны.

16 января 2007 года число зарегистрированных игроков проекта достигло 10 тыс., а число скачиваний игры превысило 64 тыс. Всё это время The Endless Forest поддерживали Музей современного искусства великого герцога Жана, «Vlaams Audiovisueel Fonds» и «Design Vlaanderen».21 июня 2007 прошёл последний АБИОГЕНЕЗ Второй фазы. В день летнего солнцестояния The Endless Forest установила очередной собственный рекорд: одновременно в игру вошли более 80 человек. Сервер игры на тот момент не был рассчитан на такую нагрузку.